Tijekom posljednjih dana Republike, Ratovi zvijezda svemiru nanijet ogroman udarac u laganu stranu Sile. U jednoj brzoj zapovijedi, car Palpatine aktivirao je Naredbu 66. Protokol je ugrađen putem čipa u svakog vojnika klonirane vojske i, jednom aktiviran, prisilio je vojnike da pogube sve Jedije u njihovoj blizini. Velika Jedijska čistka zaustavila je ogroman broj Jedija i njihovom smrću okončala sve misije i misterije koje su još trebale biti dovršene.
Od svih Jedija koji su pali tog kobnog dana, nijedan se nije činio tako brutalnim kao smrt Aayle Secure na živahnom planetu Felucia. Ratovi zvijezda Epizoda III: Osveta Sitha prikazuje mladu Twi'lek koju je ubio njezin klonski bataljun. Na žalost, kad je pala, odvratila ju je ptica i nije mogla reagirati. Međutim, metak traje još nekoliko sekundi i prikazuje klonove koji nastavljaju pucati na njezino inertno tijelo. Mnogo pitanja proizašlo je iz njezine strašne smrti dok obožavatelji pokušavaju shvatiti zašto su se klonovi činili tako hladnokrvno prema njoj.
Poput svog gospodara Quinlana Vosa, Secura je odlučila hodati vlastitim putem dok se slušala Jedi-ov red. To se pokazalo u njenom odabiru odjeće i načinu na koji je upravljala svojim svjetlosnim mačem obrnutim stiskom. Secura se duboko brinula za svog gospodara, koji je bio jedinstveno jak u Sili. Mnogi teoretičari vjeruju da je i ona bila silno moćna u Sili. Ako je to bio slučaj, razlog zbog kojeg su je klonovi oborili možda je bio osiguravanje da ne ustane da nanese ogromnu štetu svojim sposobnostima.
Većina Securinih pustolovina ne pokazuje je da koristi silu u Sili tijekom Ratova klonova. Unatoč tome, potpuno je moguće da se njezine sposobnosti još nisu u potpunosti očitovale. Alternativno, njezina snaga mogla se usmjeriti kroz njezinu borbenu sposobnost koja je koristila borbe svjetlosnim mačevima Oblik IV i Oblik V, a uključivala je obilje akrobacija i uvredljivih poteza velikom brzinom.
Druga teorija koja je predstavljena uvelike je vezana za Securin odnos s njezinim kloniranim bataljunom. Zbog mnogih godina koje su Jedi proveli sa svojim vojnicima klonovima, između te dvije skupine stvorile su se mnoge veze. Neki od najboljih primjera su kapetan Rex i Ahsoka Tano ili zapovjednik Cody i Obi-Wan Kenobi. S tom logikom, klonovi su možda neprestano pucali na Securu jer su se sjećali povijesti koju su dijelili s njom i željeli su biti sigurni da je njezina smrt brza i bezbolna. Ako je istina, to bi njihov konačni čin kao vojnika klonova učinio jednim od najmilosrdnijih Čišćenja.
Aayla Secura bila je jedna od najsaosjećajnijih Jedija u redu. Zbog toga se njezin nasilni kraj smatrao jednim od najbrutalnijih u Velikoj Jedijskoj čistki. Securina smrt također predstavlja brzu i kiruršku pustoš koju je car namjeravao postići. Potrebno je puno da se ubije Jedi, pa čak i Anakin Skywalker Fantomska prijetnja nije vjerovao da je moguće sve ih pobijediti. Međutim, car mu je dokazao da je pogriješio izbrisavši gotovo svakog od njih u jednom mahu.
Smrt gotovo svih Jedija došla je brzo i nasilno. Tijekom događaja, neki od posljednjih osjećaja koje su preživjeli korisnici Sile osjećali bili su izdaja i bol. Čak je i Securina smrt dosegla Yodu, koji je u to vrijeme bio na sasvim drugom planetu. Točan razlog zašto su klonovi toliko puta pucali na Securu ostaje misterij. Ipak, ta je misterija omogućila obožavateljima da se ponovno okupe kako bi spekulirali o mnogim drugim misterijama u svemiru Ratova zvijezda.
